20种蛋白质氨基酸在结构上的差别取决于侧链基团R的不同。通常根据R基团的化学结构或性质将20种氨基酸进行分类
根据侧链基团的极性
　　1、非极性氨基酸（疏水氨基酸）8种 　　
丙氨酸（Ala）缬氨酸（Val）亮氨酸（Leu）异亮氨酸（Ile）脯氨酸（Pro）苯丙氨酸（Phe） 　　色氨酸（Trp）蛋氨酸（Met） 　　
2、极性氨基酸（亲水氨基酸）： 　　
1）极性不带电荷：7种 　　甘氨酸（Gly）丝氨酸（Ser）苏氨酸（Thr）半胱氨酸（Cys） 　　酪氨酸（Tyr）天冬酰胺（Asn）谷氨酰胺（Gln） 　　
2）极性带正电荷的氨基酸（碱性氨基酸） 3种 赖氨酸（Lys）精氨酸（Arg）组氨酸（His）
3）极性带负电荷的氨基酸（酸性氨基酸） 2种 天冬氨酸（Asp）谷氨酸（Glu）
根据氨基酸分子的化学结构
　　1、 脂肪族氨基酸： 　　
丙、缬、亮、异亮、蛋、天冬、谷、赖、精、甘、丝、苏、半胱、天冬酰胺、谷氨酰胺
2、 芳香族氨基酸：苯丙氨酸、酪氨酸 　　
3、 杂环族氨基酸：组氨酸、色氨酸 　　
4、 杂环亚氨基酸：脯氨酸